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Fürstbischof Julius Echter gründete 1582 die papsttreue Universität als Gegengewicht zu den lutherischen Hochschulen Wittenberg, Marburg und Heidelberg. Auffällig ist das rote Portal der Neubaukirche, heute Aula der Universität. Sie erhielt im 17. Jh. ihre Emporen im Inneren und den prächtigen, mit 80 m höchsten Kirchturm Würzburgs.

Neben der bis 1994 wiederhergestellten Synagoge (1730) mit ursprünglicher Inneneinrichtung befindet sich das Jüdische Kulturmuseum in einem ehemaligen jüdischen Wohnhaus aus dem 18. Jh. Es zeigt Ausstellungsstücke zur jüdischen Religion, Literatur und zur Geschichte der Juden im Ort und in Franken. In den vier Zimmern der Vorsängerwohnung wird jüdisches Schulwesen und die Geschichte der Synagoge dokumentiert. Zu besichtigen ist auch ein Ritualbad.

Das Schulmuseum zeigt mehr als 3000 Ausstellungsstücke aus 200 Jahren Schulgeschichte. Auch zwei komplett eingerichtete Klassenzimmer und eine Lehrerwohnung machen die Vergangenheit begreifbar. Die Ausstellung hat zwei Schwerpunkte: Schule im Kaiserreich (1871-1918) und im Dritten Reich. In beiden Epochen wurde Schule missbraucht, um Gesellschaftsordnung und Ideologie zu verbreiten. Die Schule wurde damit Spiegel der Gesellschaft.

Der Physiker und Nobelpreisträger Wilhelm Conrad Röntgen erforschte hier ab 1895 die nach ihm benannten Strahlen. Die Entdeckung des Wissenschaftlers (1845-1923) ist heute aus Forschung und Medizin nicht mehr wegzudenken.

Der alte, noch funktionsfähige Hafen­kran von 1773 ist Wahrzeichen und beliebter Treffpunkt. Dahinter liegt, mit Ter­rasse zum Fluss und Blick auf die ­Festung, der Gasthof Alter Kranen.

Das kurmainzische Amtsschloss in der Innenstadt besteht aus dem so genannten Türmersturm, dem Wahrzeichen der Stadt, und einigen Fachwerkbauten. Hier ist das Tauberfränkische Landesmuseum untergebracht. Beeindruckend sind die dort ausgestellten Bilder des Meisters Mathis (fälschlicherweise Grünewald genannt). Sie standen einst in der Pfarrkirche St. Martin, bis der Maler Hans Thoma sie 1900 für die Kunsthalle Karlsruhe kaufte. Geblieben sind den Tauberbischofsheimern die Kopien mit den düster und ausdrucksstark gestalteten Kreuzigungsszenen.

Frickenhausen, auf der anderen Mainseite von Ochsenfurt gelegen, ist noch komplett von einer Stadtmauer umgeben. Als wehrhafte Zwerge bezeichnet man deshalb solche Winzerdörfer in der südlichen Mainschleife.

Das Museum befindet sich nahe des Limes und der Ruinen des Kastells Osterburken, dessen Gräben und Mauerreste die Größe des römischen Militärlagers nachzeichnen. Das Museum informiert im Erdgeschoss des Neubaus über den Alltag beiderseits des Grenzwalls anhand von Fundstücken. Das Obergeschoss widmet sich der römischen Religion und ihrer Verschmelzung mit germanischen Traditionen. Der Altbau des Museums schützt die ausgegrabene Thermenanlage.